SMA Negeri 13 Maluku Tengah melakukan SPMB secara daring/online sehingga diharapkan proses SPMB dapat berjalan cepat dan bisa dilakukan dimanapun dan kapanpun selama sesi SPMB dibuka. Proses pendaftaran calon siswa baru tidak menggunakan formulir konvensional dengan mengakses website SPMB SMA Negeri 13 Maluku Tengah.
Saat pengisian form SPMB mohon diperhatikan data yang dibutuhkan yang nantinya akan dipakai dalam proses SPMB. Setelah proses pengisian form SPMB secara online berhasil dilakukan, calon peserta didik baru akan mendapat bukti daftar dengan nomor pendaftaran dan harus disimpan yang akan digunakan untuk proses selanjutnya.